Costruita nel 1867 sullo stesso luogo dove sorgeva la vecchia chiesa romanica e terminata nel 1869, mentre il campanile viene edificato nel 1880-1881.
Scrive L’arcivescovo Antonio Sotgiu nel libro dei Dec. del 23 giugno 1873 “visitata la Chiesa Parrocchiale, eretta sotto l’invocazione di Santo Stefano protomartire, e rifabbricata da pochi anni…”. Lo stesso arcivescovo sempre nel 1873 scriveva: “Visitata la chiesetta di S. Stefano ordiniamo che si ripari sollecitamente il tetto, che si tenga cura del cimitero che è attorno alla stessa Chiesa”.
Nella chiesa parrocchiale di Santa Maria Maddalena riposano i resti di due martiri provenienti dalla chiesa di San Giovanni: San Lucro e San Armedo. L’ultima ricognizione risale al luglio 1866 ad opera del vicario parrocchiale Dott. Gabrielle Devilla e dell’arcivescovo Paolo Serci Serra che mise i sigilli.
Nella chiesa sono inoltre presenti tre altari lignei in stile barocco di scuola Napoletana, probabilmente costruiti a Cagliari. I manufatti sono di pregevole fattura, ma adattati con poca perizia; nel 1984 sono stati restaurati a cura del comune.
Nella parrocchia sono utilizzati, ancora oggi strumenti liturgici del 700 di buon valore artistico, è inoltre di pregevole fattura la statua di Sant'Elia Profeta del sec. XVIII.
Nel cortile esisteva un oratorio cappella, gestito dalla Confraternita del Rosario fondata il 5 marzo 1635 dal domenicano Thomas Pitzalis “commissario de sa Santa Crusada” in conformità alla bolla di Clemente VIII, nei documenti si legge “fundassion de la confradia y ermanada del santissimo rosario”. La Confraternita si scioglie nel seconda parte del secolo scorso (l’ultimo verbale risale al 1962).
Nel 2007 muore l’ultimo confratello, sig. Giuseppe Atzori, e come consuetudine viene sepolto con la veste di confratello.
Nel 1730 si hanno notizie anche della fondazione del Terzo Ordine, il cui fondatore fu probabilmente un frate del convento di Genoni.
