Si erano appena spenti gli ultimi focolai della grande peste che dal 1652 al 1657 aveva spopolato città e paesi di molte contrade dell'isola. In questo clima di paura e di smarrimento, San Sebastiano, invocato in particolar modo durante le calamità pestilenziali, ebbe, anche in Ales, un notevole incremento di culto. Fu così che nell'anno 1663, sciogliendo il voto per essere stata risparmiata dalla peste, Ales innalzò una bella chiesa in onore di San Sebastiano. Nulla sappiamo sulle dimensioni e sullo stile di questa: doveva essere molto piccola e di stile semplicissimo. Sappiamo però che venne ricostruita per intero nel 1724, ad opera dell'impresa del mastro Battista Frau. La chiesa originaria non venne demolita, ma completata e ampliata. Così si legge nel capitolato d'appalto: " Detto mastro Battista si obbliga a continuare la fabbrica già iniziata che è in buona parte eseguita nel tratto del presbiterio ...".
L'edificio ha subito nel tempo diversi interventi di restauro, non sempre appropriati, tanto da falsarne totalmente la primitiva fisionomia. I recenti restauri, hanno finalmente riportato la chiesa alla sua originaria bellezza. Internamente è possibile cogliere gli elementi architettonici dei due archi in pietra lavorata, che reggono il tetto in travi di legno. La membratura architettonica interna, per la maggior parte in pietra gialla di Zeppara, nonostante il tempo ne abbia intaccato le superfici, appare lavorata con cura e buon gusto. La cornice, la cui modanatura presenta senso di equilibrio delle pareti e un'aggraziata sporgenza di tutto il complesso, dà la dimensione della capacità artigianale degli scalpellini. A completare l'opera, sono i quattro pilastri che sostengono gli archi della navata e quelli predisposti per la successiva apertura delle due cappelle che dovevano determinare l'impianto a croce latina, mai conclusa, perché venne aperta soltanto una cappella, quella sulla parete destra , dedicata alla Vergine Addolorata.
