Situata al centro del piccolo villaggio di San Giovanni di Sinis , la chiesa sorge su un’area cimiteriale originariamente pagana e successivamente cristiana. Orientata ad Est con l’abside e costruita in blocchi di arenaria biancastra, presenta un impianto generale modesto: la pianta, di forma rettangolare, appare divisa in tre navate, coperte da volte a botte e terminate da un transetto parimenti voltato; in corrispondenza della navata centrale e dell’unica abside, compare una piccola cupola, sostenuta da grossi pilastri alveolati.
Le navate laterali comunicano con quella centrale mediante tre archi poggianti su tozzi e semplici pilastri; l’edificio è illuminato, nella navata centrale, da tre piccole aperture quadrangolari, in corrispondenza dell’abside e del transetto da bifore. La sobria facciata è ravvivata nella parte centrale da un oculo ubicato al di sopra della porta d’ingresso. Il nucleo centrale della chiesa, costituito dall’ambiente cupolato, fu impiantato probabilmente nel V sec. d.C.; a questo vennero aggiunte, verosimilmente attorno al IX sec., l’abside e le tre navate coperte da volte a botte; nell’XI secolo, infine, la chiesa venne ristrutturata, inserendo elementi in stile romanico.
