Nel medesimo isolato della chiesa di Santa Restituta, anch’essa su un ambiente ipogeo, sorge la chiesa di Sant’Efisio, edificata nell’area forse già occupata da un piccolo edificio di culto di età medievale.
La prima notizia dell’esistenza di un toponimo legato al santo risale in realtà solo al 1223; successivamente è citata tra le chiese visitate dall’arcivescovo di Pisa Federico Visconti nel 1263, ma non è chiaro, come per la vicina Santa Restituta, se si tratti dell’ambiente sottostante o di un vero e proprio edificio costruito nel sopraterra. Nel 1780 la chiesa venne demolita e ricostruita con navata unica coperta
da volta a botte e cappelle laterali ricavate tra i contrafforti. Il presbiterio è sopraelevato e ricoperto da una cupola ottagonale. Il prospetto è compreso entro lesene ioniche ed è suddiviso in tre ordini da cornici mistilinee, mentre il portale è sormontato da un timpano ricurvo interrotto ed è affiancato da ampie finestre cieche.
Una scala ripida e stretta, aperta sull’omonima via, costituisce l’accesso moderno. A est è visibile una piccola abside rivestita di azulejos secentesche di produzione valenzana, attualmente obliterata da un altare, che sostituì, in occasione della ricerca delle reliquie dei martiri nel Seicento, quello più antico. Al lato è visibile l’antica colonna alla quale Efisio sarebbe stato legato per subire la flagellazione. Durante alcune indagini effettuate negli anni Venti, in occasione dei lavori eseguiti dalla Confraternita del Gonfalone, furono inoltre indagati due pozzi, uno poco profondo nella parete ovest, ed uno di
oltre venti metri a nord dell’abside. La frequentazione dell’ambiente risalirebbe alla fine del I secolo d.C. sulla base del ritrovamento di alcune monete ed è stata messa in relazione al culto di Iside.
Secondo altri studiosi l’ipogeo, nato come cava di blocchi, non sarebbe stato luogo di culto né isiaco né paleocristiano. In realtà il culto di Ephysius è documentato esclusivamente in Sardegna solo a partire dall’XI secolo e il cosiddetto carcere fu legato al santo solo tardivamente.
